Осуществление охраны природных территорий в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов-одна из главных задача заповедника.

Обустройство нынешней территории заповедника началось задолго до его организации, с 1882 года, когда право пользования Великокняжеской кубанской охотой было приобретено великим князем Сергеем Михайловичем. С этого времени фактически и осуществляется охрана территории, на которой сегодня располагается заповедник. Княжескими тропами и топонимикой пользуются и сегодня.

Охрана территории заповедника началась сразу же с момента его создания в мае 1924 года и была основана на создании по его периметру сети кордонов в местах наиболее вероятного проникновения браконьеров. Местом строительства выбирались долины рек, подъездные дороги. В первое время охрана заповедника осуществлялась с большими сложностями. Немногочисленный штат охраны (17 человек на 2,5 тысячи квадратных километров горных угодий) не мог надежно обеспечить неприкосновенность огромной заповедной территории. Однако уже в 1927 году он увеличился до 44 человек, и в это же время было начато строительство кордонов. В настоящее время заповедник охраняется полноценным структурным подразделением – отделом охраны, в составе которого около 80 государственных инспекторов, сюда входит и оперативная группа, созданная при Управлении заповедника.

Для обеспечения охраны по всей заповедной территории создана развитая охранная инфраструктура, направленная на повышение удобства передвижения и жизнеобеспечения в горных условиях : 16 кордонов и контрольно-пропускных пунктов по периметру заповедника, более 50 домиков и балаганов на его территории, мосты, кладки, более 600 км магистральных троп и дорог противопожарного и охранного назначения.

Интенсивность использования определенных направлений и участков троп различна, и кроме того, зависит от времени года, уровня охраны и других факторов. Наиболее интенсивно используются тропы, соединяющие кордоны Гузерипль и Бабук-аул, Гузерипль и Черноречье - через поляну Сенную, перевал Аспидный и поляну Бурьянистую, а также тропы, проложенные вдоль речных долин Уруштена, Малой Лабы и Киши.

Мосты построены в основном на участках магистральных троп, пересекающих наиболее крупные реки. Они имеются в районах кордонов Умпырь, Киша, в районе Сенной и Бурьянистой полян. Два моста имеются на реке Цахвоа.

Места расположения домиков и балаганов сложились исторически. Как правило, они находятся в точках пересечения основных магистральных троп на расстоянии 10-15 км друг от друга.

Сложившаяся система охраны предполагает постоянное проживание на кордонах инспекторов охраны и членов их семей, а также значительную хозяйственную деятельность, направленную на обеспечение жизнедеятельности сотрудников, содержание домашнего хозяйства.

В задачи инспекторского состава входит патрулирование заповедной территории. Кроме того, госинспекторы проводят наблюдения за природой, осуществляют плановые биотехнические и хозяйственные работы, сопровождают в случае необходимости научных сотрудников во время полевых работ.

В заповеднике исторически сложились и применяются следующие методы охраны: конные и пешие обходы, засады, дежурство в дневное и ночное время, патрулирование территории. Эффективность применяемых методов охраны зависит от совокупного влияния многих факторов, главные из которых: регулярность охранных рейдов, степень технической оснащенности, а также компетентность и опытность сотрудников.

Отдел охраны обеспечен форменным обмундированием, служебным оружием, специальными средствами, КВ и УКВ-связью, носимыми и мобильными радиостанциями, лошадьми под седло, автотранспортом. Нередко для охранной работы используются вертолеты. Лесная охранная инфраструктура создается силами самих работников отдела охраны. Так, за 15 последних лет ими было построено или восстановлено около 25 лесных домиков, сторожек, балаганов, около 15 мостов и кладок. Ежегодно проводится расчистка и ремонт магистральных троп и дорог охранного назначения, восстанавливаются на местности границы заповедника.

В результате охранной работы только за период с 2000 по 2017 годы сотрудниками государственной инспекции Кавказского заповедника было выявлено 168 случаев нарушения заповедного режима, выразившихся в нахождении на территории с огнестрельным оружием, а также выявлены многочисленные факты незаконного нахождения на территории заповедника, ловли рыбы, сбора дикоросов и нарушения почвенного покрова.

Главным показателем качества охраны заповедника все же является сохранность его природных комплексов. При этом универсальным индикатором антропогенной нагрузки является численность крупных млекопитающих. Популяции зубра, оленя, серны, тура и медведя после кризиса 90-х годов XX века находились на грани исчезновения. Однако в условиях охраны за последние 20 лет их численность на заповедной территории восстановилась и значительно увеличилась.

Флора и микобиота Кавказского заповедника насчитывает свыше 3600 видов растений и грибов.

Флора

На территории Кавказского заповедника зарегистрировано около 1700 видов сосудистых растений. Среди них преобладают покрытосеменные (цветковые). Из голосеменных растений на территории заповедника произрастает 10 видов, папоротникообразных - 53 вида, 165 видов  деревьев и кустарники, в том числе  16 – вечнозеленые.

Лесная флора насчитывает более 900 видов сосудистых растений, при этом почти 640 видов произрастают исключительно в лесном поясе. Флора высокогорья включает более 800 видов сосудистых растений. Из них 680 видов встречаются только в этих местообитаниях.

Насыщенность флоры эндемичными видами является одним из показателей ее оригинальности. Среди сосудистых растений 454 – эндемичные виды (24% - эндемики лесного пояса, 16% – виды и лесного и горно-лугового поясов, 60% – эндемики высокогорно-лугового пояса). Наиболее насыщены эндемичными видами скальные и осыпные местообитания высокогорий. Особой оригинальностью отличаются флоры известняковых массивов, в первую очередь Фишт-Оштенского массива и Лагонакского нагорья, где произрастают уникальные узкорегиональные и локальные эндемики, например, колокольчики Отрана (фото 61) и Воронова, шлемник оштенский, молочай оштенский, подмаренник оштенский, лютик Елены  и др.

Реликтовых растений на территории заповедника – 185. Значительное их число отмечено в составе субальпийского и лесного высокотравья.

Адвентивных видов на территории заповедника – 68 (4% всех видов флоры). При этом 49% – это виды, происходящие из Америки, 41% – из Юго-Восточной Азии. На основной территории отмечено 39 иноземных видов растений, в Хостинском отделе – 47 видов (11%).

Флора листостебельных мхов объединяет 379 видов из 144 родов и 47 семейств. Видовое богатство флоры листостебельных мхов составляет 67% от всей моховой флоры Кавказа. Из 56 видов мхов, встречающихся в России только на Кавказе, половина охраняется на территории Кавказского заповедника.

По высотным поясам виды распределены следующим образом: 23% произрастает только в высокогорье, 36% - только лесные мхи, 39% встречаются как в лесном, так и в горно–луговом поясе.

В географическом отношении флору мхов заповедника можно охарактеризовать как бореально-неморальную. Эндемичных видов мхов Кавказа в заповеднике не выявлено. Отмечено 4 вида, имеющих ограниченное восточно-причерноморское распространение, а также 9 эндемичных видов Западной Палеарктики. Наибольшее число видов мхов (178) зафиксировано в целом на скально-каменистых субстратах, высоким видовым разнообразием отличаются также водно-болотные местообитания (112 видов).

Большим богатством и оригинальностью отличаются флоры мхов Лагонакского нагорья (включая Фишт-Оштенский массив) (155 видов) и тисо-самшитовой рощи (98 видов, причем 19 видов встречаются в заповеднике только на этой территории).

Печеночников на территории заповедника выявлено около 120 видов, что составляет примерно 70% видового состава этой группы растений на Кавказе. В тисо-самшитовой роще представлены 34 вида или 29.5% охраняемых в пределах заповедника печеночников, из которых 5 встречаются в заповеднике только на этой территории. Предварительный список видов Лагонакского нагорья (включая Фишт-Оштенский массив) насчитывает около 60 видов или половину флоры печеночников заповедника. Эндемы Кавказа представлены одним таксоном Lophozia wenzelii var. massularioides.

Грибы-макромицеты (т.е. имеющие различимые невооруженным глазом плодовые тела) – многочисленная и разнообразная группа организмов, являющаяся важнейшим компонентом гетеротрофного блока наземных экосистем. На территории Кавказского заповедника зарегистрировано около 830 видов грибов-макромицетов, что составляет примерно седьмую часть предполагаемого биоразнообразия России. Подавляющее число (примерно 750 видов) относится к отделу базидиальных грибов. Наибольшее число грибов-макромицетов (около 90%) отмечено в лесном поясе. Микобиота субальпийских и альпийских лугов представлена 60 видами (11%).

Флора лишайников насчитывает 575 видов, что составляет около 52% от известного видового разнообразия лихенофлоры российского Кавказа и примерно шестую часть выявленного разнообразия лихенофлоры России. Почти 100 видов, или около 9% состава лихенофлоры российского Кавказа известны только с территории КГПБЗ. Основное разнообразие лихенофлоры связано с лесами. Около половины всего состава лишайников произрастает на субстратах, связанных с древесными растениями. Важное значение имеют также каменистые субстраты, широко представленные в высокогорье. Одним из интересных мест с точки зрения лишайников является Лагонакское нагорье с обнажениями известняков. Здесь выявлены редкие уникальные виды.

Несмотря на длительную историю ботанических исследований на территории Кавказского заповедника, инвентаризация многих систематических групп растений и грибов еще продолжается.

По последним данным на территории Кавказского заповедника охраняется 282 вида растений и грибов, занесенных в Красные книги регионального и федерального уровня. Из них сосудистых растений – 178; мохообразных 35 (11 печеночников, 24 мхов); лишайников 39; грибов 30.

В Красную книгу Российской Федерации (2008) включено 83 вида: 62 вида сосудистых растений; 2 вида мхов; 11 видов лишайников; 8 видов грибов.

Из древесных и кустарниковых растений это тис ягодный, самшит колхидский, хмелеграб обыкновенный, клекачка колхидская и др.;

из травянистых — колокольчик Отрана, шаровница волосоцветковая, подснежник Воронова, рябчик кавказский, рябчик желтый, офрис пчелоносная; ятрышник пурпурный, и многие другие.

В лесном поясе заповедника встречаются редкие, занесенные в Красную книгу РФ виды мхов – буксбаумия зеленая и левкодон плетеносный. К редким охраняемым на федеральном уровне видам заповедника относятся также 8 видов грибов (трюфель летний, ежовик альпийский, сeтконоска сдвоенная, решеточник красный  и др.) и 7 видов лишайников (лобария легочная, летария лисья , уснея цветущая и др.).

17 видов вошли в Красный список МСОП (IUCN 2017-3) (папоротник адиантум Венерин волос, тис ягодный, можжевельник казацкий, хмелеграб, самшит колхидский, сабельник болотный, вахта трехлистная, колокольчик Отрана, осока топяная и др.).

Растительность

Сложная геологическая история, сильно расчлененный горный рельеф и высотная зональность климата обусловили высокое разнообразие растительности заповедника. Она сформирована растительными сообществами почти всех высотных поясов, характерных для Западного Кавказа: субнивального (более 3000 м. над ур.м.), альпийского (2200-2900 м. над ур.м.), субальпийского (1800-2400 м. над ур.м.) и лесного (500-2300 м. над ур.м.).

Растительный покров заповедника характеризуется преобладанием лесного и лугового типов, с ярко выраженными чертами мезофильности. Леса покрывают 62% территории.

Лесной пояс южного (причерноморского) склона представлен полосами широколиственных, смешанных и пихтовых лесов с широким участием т.н. «колхидского подлеска». К нему относятся вечнозеленые стелющиеся кустарники: рододендрон понтийский, падуб колхидский, лавровишня лекарственная. Эта группа дополняется листопадными кустарниками: чубушником кавказским, черникой кавказской, рододендроном желтым и др.

В состав колхидского флористического комплекса входят также многие полукустарники и травянистые растения леса: иглица колхидская, трахистемон восточный, толстостенка крупнолистная, зимовник кавказский, дербянка колосистая и др. Хорошего развития и наиболее широкого вертикального распространения реликтовые виды достигают в бассейнах рек Шахе и Сочи. Понижение в западной части Главного хребта, называемое ботаниками «колхидскими воротами», способствует созданию благоприятных условий для произрастания этих видов на северном макросклоне, где наиболее широко они представлены в бассейне р. Белой. С продвижением на восток колхидские элементы снижают свою встречаемость вплоть до практического исчезновения в восточных районах заповедника.

В Хостинской тисо-самшитовой роще наибольшая площадь занята широколиственными лесами, под пологом которых пышно развит подлесок из вечнозеленых колхидских кустарников и до недавнего времени – ярус самшита (на известняках). Леса с господством (или участием) тиса ягодного – доледникового реликтового вида – занимают в роще около 16%. В лесах обилие лиан (плющи, сассапариль, ломонос виноградолистный, обвойник греческий, виноград лесной, тамус обыкновенный и др.). На стволах деревьев обычны эпифиты, в частности — мох неккера. Травяной покров в связи с затенением почвы часто не развит. Тис в заповеднике кроме Хостинской рощи встречается изредка в темнохвойных лесах отдельными экземплярами и небольшими группами. Самшит еще недавно произрастал также в бассейне Шахе.

Лесной пояс северного макросклона представлен мезофитными широколиственными (буковыми, дубово-грабовыми) и темнохвойными (преимущественно пихтовыми) лесами.

До 700 м произрастают широколиственные леса. Дубняки занимают небольшую площадь (2%) преимущественно по периферии заповедника. Они приурочены к осветленным южным склонам. Эти леса состоят в основном из 3 видов дуба: черешчатого, скального  и Гартвиса. Очень обычна примесь граба, груши кавказской, яблони восточной, рябины глоговины, алычи, кленов полевого и остролистного, липы бегониелистной (кавказской), ясеня обыкновенного. Из кустарников наиболее распространены рододендрон желтый, лещина обыкновенная, шиповники, бузина черная, боярышники и др.

До 700 м произрастают широколиственные леса. Дубняки занимают небольшую площадь (2%) преимущественно по периферии заповедника. Они приурочены к осветленным южным склонам. Эти леса состоят в основном из 3 видов дуба: черешчатого, скального  и Гартвиса. Очень обычна примесь граба, груши кавказской, яблони восточной, рябины глоговины, алычи, кленов полевого и остролистного, липы бегониелистной (кавказской), ясеня обыкновенного. Из кустарников наиболее распространены рододендрон желтый, лещина обыкновенная, шиповники, бузина черная, боярышники и др.

С 500 м распространены леса с господством бука восточного. Сквозь широкие кроны едва просматривается небо, поэтому буковые леса нередко лишены живого напочвенного покрова. Здесь можно видеть группы вечнозеленого рододендрона понтийского. В еще безлистном лесу цветут весенние эфемероиды: зубянки клубненосная и пятилистная, хохлатка кавказская, лапчатка мелкоцветковая. Травяной покров букняков не богат по составу и представлен преимущественно теневыносливыми видами (подмаренник душистый, ежевика кавказская, двулепестник альпийский, папоротник щитовник мужской и др.). В буковых лесах встречаются массивы со значительной примесью широколиственных пород.

В пределах 600 – 1900 м среди лесов преобладают пихтарники и буко-пихтарники), составляющие 44% всей лесной площади заповедника.  Отдельные пихты-гиганты достигают более 60 м высоты при диаметре около 2 м.  Под пологом леса можно встретить типичные северные растения: кислицу обыкновенную, гудиеру ползучую, грушанку зеленоватую, герань Роберта, папоротник кочедыжник женский рядом с потомками древнеколхидских форм (лютиком крупноцветковым, толстостенкой крупнолистной, вороньим глазом неполным, падубом колхидским и др.). Вечнозеленый плющ одевает стволы некоторых деревьев сплошным покровом. Местами цепкие заросли ежевики затянули поверхность почвы, скрывая лежащие на земле стволы лесных великанов, отживших свой век.

В бассейнах Малой и Большой Лабы среди пихтарников встречаются елово-пихтовые и чистые еловые леса. В заповеднике проходит западная граница ареала ели восточной. При достаточном увлажнении развиваются мощные ели до 50 м высотой и 100—110 см диаметром. В составе живого напочвенного покрова обращает на себя внимание обилие мхов.

По галечниковым отмелям в руслах рек и террасам узкой полосой тянутся ольшаники с ольхой клейкой. На галечных наносах в руслах растут мать-и-мачеха, кипреи, мирикария прицветниковая, вейник ложнотростниковый, кисличник высокий, всходы ольхи и ивы.

С высоты 1500—1700 м буково-пихтовые леса постепенно изменяются: пихты становятся менее мощными, бук — корявым, с низкой кроной, все больше появляется полян и прогалин, занятых зарослями лесного крупнотравья, все чаще встречаются отдельные деревья рябины и клена Траутфеттера. Пышный травяной покров высотой 1 —1,5 м с преобладанием сочного широколистного разнотравья и нежно-зеленых папоротников окружает деревья. Здесь можно видеть золотистые крестовники, белокопытник с листьями до 50 см в диаметре, ароматную вечерницу — ночную фиалку, фиолетовый колокольчик широколистный и др. По ложбинам, лесным полянам и опушкам у верхней границы леса на высотах от 1600 до 2000 м в условиях повышенного увлажнения и мощных почв встречаются заросли гигантских трав, получивших название «субальпийское высокотравье». В его составе преобладают зонтичные и сложноцветные, реже злаки (виды борщевиков, колокольчик молочноцветковый, крестовники, телекия красивая, рожь Куприянова и др.). Стебли у борщевиков бывают 3,5—5 м высоты, диаметры ствола 8—10 см, соцветия-зонтик 50—60 см, а листья длиной 120—150 см.

На высоте 1800—1900 м пихтарники уступают место своеобразным растительным сообществам полосы верхнего предела леса. Здесь произрастают береза Литвинова, рябина обыкновенная, бук, клен Траутфеттера, ива козья, т. е. виды деревьев, способные противостоять климатическим условиям высокогорья и конкуренции травянистой растительности. Под давлением мощного снегового покрова низкорослые береза и бук нередко приобретают искривленную форму, образуя т.н. «криволесье». По южным склонам верхнюю границу леса нередко образуют сосняки из сосны сосновского.

Высоты 2000—2300 м — верхняя граница распространения леса. Суровый климат наряду с ветрами и огромными массами долго лежащего снега останавливают на этом пределе древесные растения. Выше простираются безлесные пространства высокогорий, занятые лугами, зарослями кустарников и кустарничков, каменистыми осыпями и скальными обнажениями. В высокогорье обширные площади занимают заросли рододендрона кавказского. Они выходят из-под полога криволесий за их пределы и образуют огромные массивы на субальпийских и альпийских высотах. Этот реликтовый кустарник чувствителен к резким колебаниям температуры и иссушающему воздействию зимних ветров, поэтому его местообитания чаще приурочены к участкам с мощным снеговым покровом. По щебнистым и скалистым склонам встречается можжевельник простертый.

Широкие, более или менее ровные склоны в пределах 1800—2400 м заняты настоящими субальпийскими лугами. По всей высокогорной части заповедника распространены мезофильные луга с преобладанием вейника тростниковидного,  мятлика длиннолистного, овсяницы пестрой, костра пестрого и др. Многочисленна группа разнотравья. В течение вегетационного периода одни цветущие растения сменяются другими, отчего склоны приобретают различные цветовые оттенки.

В альпийском поясе малоснежные склоны и гребни хребтов заняты низкотравными лугами и лишайниковыми пустошами с преобладанием или участием осок Юэта и печальной, овсяницы приземистой, кобрезий.

По северным склонам широко распространены луга герани голостебельной. Летом, в период ее цветения, они заметны издалека, выделяясь ярко-голубыми пятнами среди темно-зеленых массивов рододендрона. Осенью при покраснении листьев герани луга приобретают красноватый оттенок. Кроме герани на этих лугах растут астра кавказская, вероника горечавковидная, копеечник кавказский, незабудка альпийская, тимофеевка альпийская и др. В местах, где долго лежит снег, герань образует почти чистые сообщества.

Западины и понижения с длительным залеганием снега заняты альпийскими коврами. Они отличаются крайне низким (1,5—2 см) травостоем, сплошной дерниной приземистых альпийских многолетников, значительным участием луковичных и клубневых растений. В их составе преобладают одуванчик Стевена, кольподиум понтийский, тмин кавказский, сиббальдия полуголая, встречается лютик Елены, горечавки, колокольчики трехзубчатые и др.

Большую роль в растительном покрове альпийского пояса играют мхи и лишайники. Сплошной мохово-лишайниковый покров с обильным участием ивы казбекской, не превышающей 10—15 см высоты, нередко напоминает высокогорную тундру. Это впечатление усиливается присутствием здесь таких северных растений, как лишайники из рода цетрария и кладония (так называемый олений мох).

Скальные, осыпные и щебнистые участки в высокогорье заняты разреженными группировками специфичных растений, приспособившихся к существованию к крайне неблагоприятных местообитаниях.

В области древнеледниковых форм рельефа распространены озера и болота. Болотные комплексы расположены преимущественно в верхнелесном и субальпийском поясах от 1800 до 2500 м над ур. м. и представлены осоково–моховыми болотами озерного происхождения, ключевыми и ручьевыми болотами. Довольно обычны сфагновые болота, очень редкие в восточной части Большого Кавказа и на Малом Кавказе. На наиболее крупных и древних из них – Луганском болоте, Дзитакском и Азмычском – мощность торфяной залежи может достигать более 3 м; имеют место элементы грядово-мочажинного комплекса. Эти болота представляют собой пример редких для Кавказа реликтовых (угасающих) озерно-болотных образований, существующих в течение нескольких тысяч лет. Здесь встречаются характерные для болот растения, такие как реликт плейстоценового оледенения сабельник болотный, жирянка обыкновенная, пушица.